Uma atividade de grande importância que a Funatura desenvolve é a proteção da biodiversidade brasileira por meio de reservas particulares, tendo como base o Art. 6º. do Código Florestal de 1965 (Lei Federal 4.771, de 15/09/1965), atualizado pela
Lei 12.651, de 25/05/2012. Sua primeira iniciativa. Sua primeira iniciativa ocorreu com o lançamento do Programa Santuários de Vida Silvestre – pesquisa, manejo, educação ambiental e ecoturismo (Programa SVS) e, em 1987, foi criado o primeiro santuário na Fazenda Praia do Forte, no litoral norte do Estado da Bahia, a pedido do seu proprietário, Klaus Peters. Nos anos seguintes, surgiram muitos santuários antes mesmo da existência de legislação federal que amparasse a criação dessas unidades de conservação (UCs).
A Fundação atuou na criação de inúmeros santuários e reservas naturais particulares protegidas no Brasil. Dentre elas, o SVS do Riacho Fundo, no Distrito Federal (atual Parque Ecológico e Vivencial do Riacho Fundo), e a primeira reserva particular do Estado de Goiás, o SVS Vagafogo, no município de Pirenópolis/GO. Durante a década de 1990, a Funatura iniciou sua atuação no entorno do Parque Nacional Chapada dos Veadeiros, localizado em Goiás, e trabalhou na criação das RPPNs Santuário de Vida Silvestre Fazenda Volta da Serra e Santuário de Vida Silvestre Fazenda Mata Funda, no município de Alto Paraíso/GO, com apoio do Banco Interamericano do Desenvolvimento (BID).