O Eixo II articula projetos que unem conservação, geração de renda, segurança alimentar e proteção das águas. Desde o fim da década de 1980, a Funatura trabalha com cooperativas agroextrativistas, povos e comunidades tradicionais, veredeiros e agricultores familiares. Esse trabalho fortalece cadeias de espécies nativas como baru, pequi, buriti, fava-d’anta, jatobá, cagaita, araticum, coquinho-azedo e cajuzinho-do-cerrado e, mais recentemente, a baunilha-do-cerrado na Chapada dos Veadeiros. A Funatura também promove a restauração ecológica de veredas, nascentes e matas ciliares, por plantio, condução da regeneração natural e Sistemas Agroflorestais (SAFs), e envolve as comunidades na coleta de sementes, produção de mudas e processos de restauração inclusiva.

Ao longo de 40 anos, a atuação no eixo beneficiou diretamente, em estimativa conservadora, mais de 500 famílias, cerca de 1.600 pessoas. Entre elas estão as 90 famílias veredeiras reassentadas no Assentamento São Francisco e os cooperados das três cooperativas apoiadas pela Rede Sociobio Cerrado-Pantanal. Essa atuação se distribui por sete bacias hidrográficas em quatro regiões hidrográficas (São Francisco, Paraná, Paraguai e Tocantins-Araguaia). Os destaques são o Mosaico Sertão Veredas–Peruaçu, região que fornece mais de 20% da água do Rio São Francisco, a Chapada dos Veadeiros e a bacia do Rio São Bartolomeu, no DF e em Goiás. São cerca de 6,9 mil hectares apoiados, e aproximadamente 578 hectares em restauração ou com SAFs em implantação. As áreas estão em cabeceiras, APPs, veredas ou mananciais. Foram produzidas cerca de 1 milhão de mudas nativas e instalados quase 11 km de cercas de proteção de APPs. Os viveiros implantados somam capacidade de 265 mil mudas por ano, e outros 316 hectares de restauração estão contratados até 2030. A agregação de renda ainda não é medida de forma sistemática, mas aparece em resultados concretos:

• o apoio a 13 organizações comunitárias e de apoio às cadeias, entre elas a Copabase, Coperuaçu, Coopsertão e a Associação Rural Sertão Veredas ARSEV, criadas com apoio da Funatura;
• a implantação de unidades de beneficiamento e casas de farinha;
• a compra de 840 kg de sementes nativas de um grupo de coletoras;
• a contratação de viveiristas da comunidade;
• a assessoria contribuiu para a exportação de 8 toneladas de baru ao mercado Americano (EUA);
• a preparação das organizações para acessar compras públicas de alimentos (PAA e PNAE), com participação crescente de mulheres e jovens.

Este eixo contribui para o Marco Global da Biodiversidade Kunming-Montreal (GBF), adotado no âmbito da Convenção sobre Diversidade Biológica (CDB). Contribui em especial para a Meta 9 (manejo e uso sustentáveis de espécies silvestres com benefícios sociais e econômicos para as comunidades), a Meta 2 (restauração de ecossistemas degradados), a Meta 11 (manutenção de serviços ecossistêmicos, como a regulação hídrica) e a Meta 22 (participação plena de povos e comunidades tradicionais). A restauração de áreas cruciais para a resiliência hídrica, implementada como Adaptação baseada em Ecossistemas (AbE), contribui para três ODS. No ODS 6, ela responde à meta 6.6, de proteger e restaurar ecossistemas relacionados à água, e à meta 6.b, de participação comunitária na gestão da água, que a Funatura exerceu por mais de uma década nos comitês das bacias do Rio Urucuia e do São Francisco. Contribui também para o ODS 15, meta 15.3 (recuperação de terras degradadas), e para o ODS 2, meta 2.3 (renda de pequenos produtores e comunidades tradicionais).