É um dos ecossistemas terrestres mais biodiversos e ameaçados do planeta, um hotspot para a conservação da biodiversidade. Restam 46% da área coberta com vegetação original e apenas 8,44% do Cerrado está legalmente protegido.

Atualmente são listadas no Cerrado 837 espécies de aves, 251 espécies de mamíferos, 211 espécies de anfíbios, 158 serpentes, 76 espécies de lagartos, 33 anfisbenas, 10 espécies de quelônios e 5 de crocodilianos.

É uma das maiores diversidades florísticas do Planeta. São 11 tipos principais de formação: as florestais (mata ciliar, mata de galeria, mata seca e cerradão), as savânicas (cerrado sentido restrito, parque de cerrado, palmeiral e vereda) e as campestres (campo sujo, campo rupestre e campo limpo).

Considerado o berço das águas do Brasil, possui diversas nascentes de rios que fluem para importantes áreas de recarga hídrica. A região do DF se divide em sete bacias hidrográficas, integrantes de três importantes regiões hidrográficas: Tocantins-Araguaia, São Francisco e Paraná.